خطوات ومبدأ عمل
Next Generation Sequencing NGS
👇
١- تحضير العينة او مايسمى المكتبه ( Library )
٢- التسلسل (Sequencing)
٣- تحليل البيانات ( Data analysis)
Next Generation Sequencing NGS
👇
١- تحضير العينة او مايسمى المكتبه ( Library )
٢- التسلسل (Sequencing)
٣- تحليل البيانات ( Data analysis)
١- تعد مرحلة إعداد المكتبة مهمة وحاسمة في عملية نجاح التسلسل، حيث يتم فيها تجهيز DNA أو RNA ليكون متوافق مع جهاز التسلسل Sequencer
يتم إنشاء مكتبة التسلسل sequencing library عن طريق تجزئة الحمض النووي إلى قطع صغيره وبعد ذالك يتم إضافة ما يسمى ب adapters على نهاية كل قطعة
يتم إنشاء مكتبة التسلسل sequencing library عن طريق تجزئة الحمض النووي إلى قطع صغيره وبعد ذالك يتم إضافة ما يسمى ب adapters على نهاية كل قطعة
💡Adapters:
عبارة عن تسلسل معين يرتبط ب 5' end و 3' end لكل قطعة من الحمض النووي حيث انها مكملة لتسلسلات قصيرة موجودة على سطح خلايا التدفق flow cells.
عبارة عن تسلسل معين يرتبط ب 5' end و 3' end لكل قطعة من الحمض النووي حيث انها مكملة لتسلسلات قصيرة موجودة على سطح خلايا التدفق flow cells.
Adapters تمكن قطع الحمض النووي من الالتصاق والارتباط في خلية التدفق وبعد ذالك تتم عملية التكاثر لقطع الحمض النووي ومن ثم تنقيتها.
يمكن تجميع اكثر من مكتبه معا وإجراء التسلسل لها في نفس الوقت وتسمى هذه العملية multiplexing run حيث يتم إضافة تسلسل معين او مايسمى الباركود لكل مكتبة حيث يمكن إستخدام الرموز الشريطية اللي في الباركود للتميز بين كل مكتبة ( عينة).
٢- عملية التسلسل أو البناء sequencing
يتم حقن العينات أو المكتبات إلى خلية التدفق وإدخالها للجهاز. تحتوي كل خلية على ملايين من التسلسلات المكملة لل adapters اللي موجود على كل قطعة حمض نووي حيث تمكنه من الارتباط في الخلية.
يتم حقن العينات أو المكتبات إلى خلية التدفق وإدخالها للجهاز. تحتوي كل خلية على ملايين من التسلسلات المكملة لل adapters اللي موجود على كل قطعة حمض نووي حيث تمكنه من الارتباط في الخلية.
تتم عملية البناء وإنتاج ملايين النسخ من كل قطعه في عملية تسمى cluster generation.
يتم قراءة التسلسل في عملية تسمى التسلسل بالتكوين sequencing by synthesis حيث ترتبط النيوكليوتيدات المعدلة كيميائيا بالتسلسل المكمل لها في قطع الحمض النووي.
يتم قراءة التسلسل في عملية تسمى التسلسل بالتكوين sequencing by synthesis حيث ترتبط النيوكليوتيدات المعدلة كيميائيا بالتسلسل المكمل لها في قطع الحمض النووي.
تحتوي هذه النيوكليوتيدات على مادة مشعه fluorescent تؤدي إلى إرسال إشعاعات بألوان مختلفه عندما ترتبط بالتسلسل حيث ان كل إشعاع يدل على نوع النيوكليوتايد المضاف للتسلسل.
بعد قراءةشريط forward DNA، يتم غسل القراءة وإعادة العملية مره اخرى لقراءة تسلسل الشريط العكسي reverse strand
بعد قراءةشريط forward DNA، يتم غسل القراءة وإعادة العملية مره اخرى لقراءة تسلسل الشريط العكسي reverse strand
٣- يتم بعد ذالك عملية تحليل البيانات باستخدام بعض البرامج لإجراء عملية التطابق ومقارنة التسلسل alignment ببعض المراجع references وبالتالي القيام بعملية تسمى استدعاء القاعده base calling لتعيين وتحديد كل قاعدة
Reference:
illumina.com
illumina.com
Loading suggestions...